Em meados de 1991 um grupo de cinco pessoas de Poá manifestou o desejo de apoiar um pequeno jardim de infância Waldorf que se iniciava em Mogi das Cruzes. Esta iniciativa não foi adiante, e o grupo decidiu, então, dar início a um Jardim de Infância em Poá. Para tanto, foram doados tempo e recursos financeiros de cada um dos participantes, fundando a Associação Cultural Espaço Arcanjo Micael, a entidade mantenedora da Escola.
A implantação do Ensino Fundamental iniciou-se em 1996, de maneira progressiva, passando a utilizar um prédio alugado no mesmo endereço do jardim de Infância.
Em 1999 a Escola Waldorf Arcanjo Micael filiou-se a Federação das Escolas Waldorf no Brasil.
Em 2004 foi implantado o Ensino Médio, também de maneira progressiva veio a se instalar em uma chácara de 3.600 m². Após a instalação de benfeitorias, construção de novas salas de aula, quadra, sala de música, laboratório, a reforma da sala de marcenaria, sala de artes e laboratório, foi possível a transferência do 8º e 9º ano para local, além do 10º, 11º e 12º já existentes.