A Unesp, criada em 1976, resultou da incorporação dos Institutos Isolados de Ensino Superior do Estado de São Paulo, então unidades universitárias situadas em diferentes pontos do interior paulista. Abrangendo diversas áreas do conhecimento, tais unidades haviam sido criadas, em sua maior parte, em fins dos anos 50 e inícios dos anos 60.
Entre essas escolas que vieram compor a Unesp, pode-se observar, de um lado uma certa identidade. Um grupo bastante expressivo, formado por sete unidades universitárias, num conjunto de 14, ocupando amplo espaço, constituído pelas chamadas Faculdades de Filosofia, voltadas preferencialmente para a formação de professores que deveriam compor os quadros das escolas secundárias do Estado. Desse conjunto fizeram parte a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Assis, a de Araraquara, de Franca, de Marília, de Presidente Prudente, de Rio Claro e de São José do Rio Preto.
Outros Institutos Isolados foram criados com a finalidade de formação profissional como a Faculdade de Farmácia e Odontologia de Araraquara, a mais antiga de todas essas escolas, fundada em 1923 e incorporada ao patrimônio estadual em 1956. As outras foram as duas odontologias, de Araçatuba e de São José dos Campos, a Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, a de Engenharia de Guaratinguetá e a Medicina de Botucatu.
No entanto, essas escolas, pela própria formação e por uma qualificação precisa adotadas, foram marcadas por uma identidade entre a docência e a pesquisa na compreensão da necessidade da busca de um aprimoramento acadêmico. Associada a essa característica, essas escolas estiveram fundamentadas no tripé que identifica a instituição acadêmica – a docência, a pesquisa e a extensão de serviços à comunidade. Essas escolas, que foram pioneiras na implantação do ensino superior público de qualidade no interior do Estado de São Paulo, estiveram, desde sua criação, sob a administração da Secretaria de Educação do Estado de São Paulo.
Durante os anos 80, a Unesp passou por algumas modificações que ficaram registradas em seu novo Estatuto, assinado em 1989. As expectativas da mudança consistiam na possibilidade de transformar a Unesp numa universidade essencialmente democrática na qual seus integrantes tivessem poder de decisão. No mesmo momento que no Brasil levantava-se a bandeira das diretas-já, a UNESP havia iniciado a campanha pela adoção de formas mais democráticas de gestão. Também abria-se a possibilidade da integração de um universo maior de interessados.
Expansão – Democratização e expansão foram as bandeiras defendidas pela universidade na passagem dos anos 80 para 90. Ainda durante esse período a Universidade esteve à procura da formação de uma identidade que pudesse superar sua marca de origem, a excessiva fragmentação. Esta procura significou uma aproximação cada vez maior da Universidade com o interior do Estado de São Paulo, ao atender aos insistentes apelos das comunidades do interior, quer pela incorporação de novos espaços, como no caso da Universidade de Bauru (1987), do Imespp (1989), ou ainda, na busca de um aprimoramento da criação de novos cursos como no caso da incorporação do IFT (1987).
Visando uma dinamização da pesquisa e uma maior integração entre os vários núcleos de pesquisadores, a Unesp incentivou o desenvolvimento de um plano de criação de unidades auxiliares, unidades complementares e centro interunidades. Propunha, ainda, o desenvolvimento de museus com atividades coletivas e a criação de um projeto de integração e desenvolvimento das bibliotecas.
Durante toda a década de 1990 a Unesp ampliou seu raio de atuação, sobretudo na forma de aumento da oferta de vagas. Mas em 2003, atendendo a numerosas solicitações e de acordo com a política do governo estadual de promover maior incremento do ensino superior público, a Unesp se expande em várias direções com a criação das então chamadas Unidades Diferenciadas, atualmente denominadas Câmpus Experimentais (2006), localizadas em Dracena, Itapeva, Ourinhos, Registro, Rosana, São Vicente, Sorocaba e Tupã.
Atualmente, a Unesp não dispõe de recursos financeiros próprios que possibilitem a implantação ou encampação de outro curso novo. A Unesp ressalta que toda expansão depende da garantia de recursos orçamentários do governo do Estado para sua implementação.